南方航空公司貨運部（China Southern Cargo Airlines LTD.）簡稱南航貨運，是中國南方航空專職處理貨運業(yè)務(wù)的部門，于1991年在廣州成立。

1991年2月1日，中國南方航空成立，并開始與中國航空貨運公司利用安-12貨機(jī)聯(lián)合經(jīng)營貨物運輸業(yè)務(wù)，重點對廣州白云機(jī)場貨物積壓的航線實行貨運加班或包機(jī)飛行。同年10月，運輸公司升格并改為南方航空公司營運部，貨運科升格為貨運處。

1996年1月4日，南航將貨運處等部門聯(lián)合重組為運輸部。5月4日，南航濕租俄羅斯貝加爾航空的兩架安－12貨機(jī)正式投入營運，兩架貨機(jī)首航天津，并陸續(xù)開通廣州至成都、沈陽、哈爾濱等航線。2000年3月，南航貨運用濕租亞特拉斯航空的波音747-400型飛機(jī)開通深圳-安克雷奇-芝加哥－深圳的貨運航線，正式開始使用全貨機(jī)經(jīng)營。其自購的首架波音747-400F型貨機(jī)于2002年6月開始交付使用。