珍珠奶茶一般使用較大顆粒的粉圓，烹煮后的直徑約在7毫米以上，否則直徑太小時很容易滿嘴珍珠，也不方便吞咽咀嚼。但大多數的珍珠奶茶商家仍有提供小顆粉圓的珍珠。當然也有一種“琥珀珍珠”這種珍珠是用的紅糖來做的。

珍珠奶茶使用的“珍珠”，是由地瓜粉(南方說法，即淀粉)制作而成的粉圓，而粉圓在加入奶茶之前，通常還會先浸泡糖漿，確保粉圓在偏甜的奶茶中，仍可以保持甜味。奶茶的基底通常使用紅茶，但也有店家提供使用綠茶的珍珠奶茶(稱為珍珠綠奶或珍珠奶綠)。也有許多店家以咖啡凍、豆花、布丁、仙草、等類似口感的食物添加進奶茶里，讓客人自由選擇以增加口感。

在臺灣，珍珠奶茶是具有相當的自主性的，而珍珠奶茶店通常也以復合式經營，不單只提供紅茶、綠茶、奶茶、咖啡等飲料，還有各式各樣能代表各店特色的“特調飲料”，而一些常客也會創(chuàng)造出自己專屬的口味。

調味茶：梅子（酸梅）：梅子烏龍茶、梅子紅茶、梅子綠茶等。養(yǎng)樂多：養(yǎng)樂多紅茶、養(yǎng)樂多綠茶等。

調酒材料（如薄菏糖漿、石榴糖漿等）：薄菏綠茶、石榴紅茶等。

各式花茶：可單獨販售或加入奶茶，如薰衣草奶茶。

加入的材料：珍珠：即粉圓，有分大顆（波霸）及小顆。龍珠：亦稱“包心粉圓”，加入一顆完整的紅豆于珍珠的核心中，直徑10mm以上，有“外軟心脆”的口感。

椰果：如椰果紅茶、椰果綠茶、椰果奶茶等。