底部式過濾器：利用底砂砂層作為大體積的濾材(滲流濾層)，通過鋪設在砂層下的進水管道網(wǎng)，經(jīng)由沉水水泵抽水，達到物理過濾及生化過濾的目地(原理類似于沉水式過濾器)因濾體較大，所以維護間格時 間較長，但維護極為不便。效果不錯，缺點是安裝較麻煩，還有草缸無法使用，會照成底肥的嚴重流失。

氣動式過濾：在此種過濾系統(tǒng)中比較有名的應該算是惠宏產(chǎn)的水妖精，原理是利用氣舉使水流入過濾體(生化棉、過濾棉)中，進行生物過濾過程。過濾效果還算可以，但是一般須要配合上濾等物理過濾系統(tǒng)使用。多用于小型的繁殖缸、孔雀、短鯛等較少量、小型的魚缸內(nèi)。

魚缸里的水會因魚類的糞便、食物殘渣、水草腐葉而受到污染。在人們想象中將水中看得見的懸浮物過濾掉，使水保持清澈透明就已達到目的，其實這僅僅只是過濾的初級功能，我們通常稱之為機械過濾?，F(xiàn)代的觀賞魚缸過濾應是同時具有機械過濾和生物過濾，有時還需要物理過濾。其中尤為重要的是生物過濾。所謂生物過濾，就是通過附著在濾材上的，將溶解在水中的有害物質(zhì)分解或轉(zhuǎn)化為無害物質(zhì)。物理過濾則是利用某些材料特有的吸附功能使水凈化。物理過濾只在特殊情況下短時間使用，如為了去除水中的剩余藥劑等。

魚缸不大，養(yǎng)魚過多或者是過濾器的功率小，不能完全過濾污物，綠藻生長也會很快。

喂食過多，魚吃不完飼料，飼料在水中腐爛，水質(zhì)過度營養(yǎng)化，使水中更快積累氨等物質(zhì)，經(jīng)過硝化，會轉(zhuǎn)換成硝酸鹽，硝酸鹽是水草和水藻的重要肥料，水中含有很多硝酸鹽的話，水藻也會狂長。