高新技術企業(yè)專項審計，是依據(jù)高新技術企業(yè)認定辦法相關規(guī)定，對近三年的研發(fā)費用支出情況及高新技術產(chǎn)品（服務）收入情況進行審計，出具審計專項報告。該報告主要用于企業(yè)申辦高新技術企業(yè)或高新技術企業(yè)復審使用。提供給科委、財政、稅務、工商單位及管理層和董事會等相關。

高新技術企業(yè)專項審計工作從業(yè)務承接到完成通常要經(jīng)過以下步驟：

1、會計師事務所和高新技術企業(yè)專項審計單位進行初步溝通了解，確定高新技術企業(yè)專項審計目的、審計范圍、審計收費等；并簽訂業(yè)務約定書；

2、會計師事務所安排項目組，下發(fā)委托方高新技術企業(yè)專項審計準備的資料清單；

3、被審高新技術企業(yè)專項審計單位按照資料清單準備相關審計資料，并確定現(xiàn)場審計時間。

4、現(xiàn)場審計階段；

5、審計情況匯總和形成審計報告初稿；

6、與被審高新技術企業(yè)專項審計單位交換意見；

7 、出具正式審計報告。

無論是研究開發(fā)費用，還是高新技術產(chǎn)品(服務)，在專項審計中都涉及高新技術的識別。注冊會計師不是高新技術領域的專家，《專項審計指引》為此做了如下規(guī)定：

(1)恰當界定研究開發(fā)項目、高新技術產(chǎn)品(服務)的具體范圍是申報企業(yè)的責任。

(2)申報企業(yè)技術負責人與企業(yè)法定代表人、財務負責人共同簽署《管理當局聲明書》。

但《專項審計指引》也規(guī)定，制定總體審計策略時，應當清楚地說明向具體審計領域調(diào)配的資源，包括就復雜的研究開發(fā)項目技術問題利用專家的工作。

1.申請企業(yè)自主選擇第三方審計機構委托業(yè)務(基于對審計機構業(yè)務資質(zhì)、服務團隊、客戶口碑的充分了解)；

2.審計代理公司與申請公司進行初步溝通了解，確定企業(yè)的審計目的和范圍，再由審計公司對申請企業(yè)的審計風險進行專業(yè)評估；

3.評估通過后，雙方簽訂正式的審計服務協(xié)議，明確審計費用、雙方的權利和責任，并進行初步數(shù)據(jù)交接；

4.審計代理公司應當成立專門的項目組，向受委托企業(yè)發(fā)放高新技術企業(yè)專項審計所需材料清單；

5.申請人應根據(jù)資料清單準備相關審核材料；

6.審計代理公司審計工作組根據(jù)企業(yè)數(shù)據(jù)制定高新技術企業(yè)具體審計工作方案，為審計工作的實施打下良好基礎；

7.與被審計企業(yè)確定現(xiàn)場審計時間并出具審計通知書；

8.審核員進入現(xiàn)場，審核企業(yè)提供的審核資料，對期間發(fā)現(xiàn)的審核問題進行詳細記錄，形成審核工作底稿；

9.審核審計工作底稿，并在此基礎上形成初步意見；

10.與被審計企業(yè)交換審計意見；

11.在雙方一致同意的基礎上，為高新技術企業(yè)出具專項審計報告。