高新技術企業(yè)認定專項審計，是指注冊會計師接受擬向有關部門申請進行高新技術企業(yè)認定的申報企業(yè)委托，對其近三個會計年度(實際經營不滿三年的按實際經營年限)的研究開發(fā)費用結構明細表和近一個會計年度的高新技術產品(服務)收入明細表進行審計，并出具專項審計報告。

1、凡擬向有關部門申請進行高新技術企業(yè)認定的企業(yè)，均需要進行高新技術企業(yè)認定專項審計；

2、由于高新技術企業(yè)資格自頒發(fā)證書之日起有效期為三年，期滿前三個月內企業(yè)應提出復審申請，不提出復審申請或復審不合格的，其高新技術企業(yè)資格到期自動失效。

所以凡擬向有關部門申請進行高新技術企業(yè)復審的企業(yè)，均需要進行高新技術企業(yè)認定專項審計。

因此，不管是初次申報還是復審，都需要進行高新技術企業(yè)認定專項審計。

高新技術企業(yè)專項審計，是依據高新技術企業(yè)認定辦法相關規(guī)定，對近三年的研發(fā)費用支出情況及高新技術產品（服務）收入情況進行審計，出具審計專項報告。該報告主要用于企業(yè)申辦高新技術企業(yè)或高新技術企業(yè)復審使用。提供給科委、財政、稅務、工商單位及管理層和董事會等相關。

在財務報表審計中，一般不專門提及與高新技術研究開發(fā)費用支出相關的內部控制?！秾ｍ棇徲嬛敢窂娬{研究開發(fā)費用控制通常屬于申報企業(yè)費用和成本控制的重要組成部分，要求注冊會計師在對研究開發(fā)費用控制進行了解時，需要考慮那些影響研究開發(fā)費用完整性、發(fā)生、準確性和分類的控制點。同時，《專項審計指引》給出了研究開發(fā)業(yè)務流程通?？赡馨ǖ闹饕顒樱缌㈨椇皖A算管理、人員管理、材料和設備管理以及結項管理等。