高新技術(shù)企業(yè)認定專項審計，是指注冊會計師接受擬向有關(guān)部門申請進行高新技術(shù)企業(yè)認定的申報企業(yè)委托，對其近三個會計年度(實際經(jīng)營不滿三年的按實際經(jīng)營年限)的研究開發(fā)費用結(jié)構(gòu)明細表和近一個會計年度的高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入明細表進行審計，并出具專項審計報告。

不論企業(yè)以前年度財務(wù)報表是否委托注冊會計師進行審計，還是專項審計與年度財務(wù)報表審計是否為同一家會計師事務(wù)所承接，專項審計都可以按照《專項審計指引》獨立實施審計程序。如果結(jié)合以前年度財務(wù)報表審計，確定的重要性水平應(yīng)當?shù)陀谙鄳?yīng)財務(wù)報表審計的重要性水平，確定審計范圍時應(yīng)當考慮擬利用以前年度財務(wù)報表審計工作中獲取的審計證據(jù)的程度。需要注意的是，應(yīng)當結(jié)合具體環(huán)境考慮重要性的性質(zhì)和數(shù)量兩方面的因素。

在財務(wù)報表審計中，一般不專門提及與高新技術(shù)研究開發(fā)費用支出相關(guān)的內(nèi)部控制?！秾ｍ棇徲嬛敢窂娬{(diào)研究開發(fā)費用控制通常屬于申報企業(yè)費用和成本控制的重要組成部分，要求注冊會計師在對研究開發(fā)費用控制進行了解時，需要考慮那些影響研究開發(fā)費用完整性、發(fā)生、準確性和分類的控制點。同時，《專項審計指引》給出了研究開發(fā)業(yè)務(wù)流程通常可能包括的主要活動，如立項和預(yù)算管理、人員管理、材料和設(shè)備管理以及結(jié)項管理等。

對于市場中的企業(yè)來說，其大多知曉企業(yè)申請成為高新技術(shù)企業(yè)的重要意義。并且，企業(yè)申請成為高新技術(shù)企業(yè)，具備諸多好處和優(yōu)勢。因此，很多符合條件和要求的企業(yè)，都會有著申請成為高新技術(shù)企業(yè)的意愿與訴求。而這，就需要開展高新技術(shù)企業(yè)審計。