先后獲國家科技進步二等獎2項、省部級一等獎4項、何梁何利科學技術(shù)與進步獎，談家楨生命科學臨床醫(yī)學獎，轉(zhuǎn)化醫(yī)學杰出貢獻獎，吳階平醫(yī)藥創(chuàng)新獎，中國工程院光華工程科技獎。北京大學人民醫(yī)院血液科黃曉軍加急住院掛號

黃曉軍教授主持國家863計劃、國家杰出青年基金、國家自然基金重點項目等國家項目，在白血病等惡性血液病的、診斷等方面進行了系統(tǒng)性和開創(chuàng)性工作，以或通訊作者身份在新英格蘭醫(yī)學雜志（New Eng J Med，2篇）、臨床腫瘤學（J Clin Oncol，1篇）、血液學（Blood，6篇）、白血?。↙eukemia，5篇）等國際期刊發(fā)表SCI論文190篇，主編專著20部。牽頭制定多項中國及亞太血液病指南/標準并推廣普及，主持我國高水平多中心臨床研究，領(lǐng)導建設(shè)中國造血干細胞移植登記數(shù)據(jù)庫、慢性髓性白血病聯(lián)盟，促進我國血液病診治的規(guī)范化及人才建設(shè)。

造血干細胞移植是白血病的有效方式,供者來源缺乏是一世界性難題，北京大學人民醫(yī)院黃曉軍團隊在自創(chuàng)的粒細胞集落刺激因子誘導免疫耐受的基礎(chǔ)上，對單倍體移植技術(shù)的多個方面進行了創(chuàng)新與改進，形成國際公認的原創(chuàng)非體外去T單倍體造血干細胞移植體系——“北京方案”；“北京方案”白血病取得與同胞全合一致的療效。２０１６年，該方案被世界骨髓移植協(xié)會推薦作為全球缺乏全相合供體的移植可靠方案；該方案還被寫入國際骨髓移植教材，并被美國、英國等國骨髓移植相關(guān)指南引用。

2007年擔任國家杰出青年科學基金項目負責人，創(chuàng)新團隊帶頭人。負責承擔國家自然科學基金國家“863”基金、“985”基金、北京大學211基金、衛(wèi)生部基金、教育部博士點和“新世紀人才”等多項基金。發(fā)表論文100多篇，綜述10多篇，專著10部。1996年被評為碩士研究生導師，1999年獲北京市醫(yī)務工作者，2003年獲北京市五、四青年稱號，被評為博士生導師。2005年被評為教育部“新世紀人才”。在2006年獲中華醫(yī)學科技獎二等獎，2008年衛(wèi)生部吳楊獎獲得者，2008年中國醫(yī)師獎獲得者。