檔案銷毀是保護機密信息的必要措施，需根據檔案類型、數量和敏感度選擇合適的方法，如物理銷毀法、數據擦除法、熱處理法和物理破壞法等。銷毀過程需嚴格控制并記錄，以確保信息不泄露且銷毀工作有效。

物理破壞法：

粉碎處理：將檔案進行粉碎，使其變成細小的顆粒，無法拼接復原。

物理破壞：使用物理手段破壞存儲介質，如破壞硬盤、U盤等存儲設備。

檔案銷毀是將已失去保存價值的檔案材料以特定的處理方式改變正常的物理載體形式，從而使其所攜帶的信息無法被還原的過程。

檔案銷毀清冊：

凡需銷毀的檔案，必須編制銷毀清冊。銷毀清冊是準備剔除銷毀的檔案的登記簿，也是日后查考檔案銷毀情況的憑據。

檔案銷毀清冊封面上的項目有：全宗號、全宗名稱、立檔單位名稱、編制檔案銷毀清冊單位名稱和編制時間等。

銷毀檔案登記欄是檔案銷毀清冊的主要部分，其主要項目有：序號、案卷或文件題名、起止日期、號碼(案卷目錄號、案卷號或文件字號)、數量、銷毀原因備考等。具體項目可以根據具體情況進行增減。一般是以案卷為單位登記，必要時，也可以按文件登記。

檔案銷毀清冊應以全宗為單位編制，每一清冊至少應一式兩份，一份留檔案館(室)，一份送有關領導審查批準，如果要報檔案行政管理部門備案，則需一式三份。

檔案銷毀方式：

檔案可以送到指定造紙廠化成紙漿，這是銷毀大批量紙質檔案為常用的一種方式；數量少而又具有機密性的檔案應當先用碎紙機打碎再作處理；以磁帶磁盤、光盤等為載體的檔案，可以采用物理刪除、格式化或焚燒等方式銷毀。無論采取何種方式進行銷毀，都必須嚴格堅持兩人以上監(jiān)銷的原則。監(jiān)銷結束，監(jiān)銷人員須在銷毀清冊上簽字，并注明“已銷毀”字樣和銷毀方式、銷毀日期。已經銷毀的科技檔案，應在目錄上注銷,并對排列順序進行相應調整。