預付款保函風險有三個風險：

1、很可能出現預付款已大部分償還，而保函額不減的局面，業(yè)主隨時可能全額沒收保函，而承包商卻不擁有全額預付款(因為很可能在業(yè)主沒收保函時，承包商已經償還了部分預付款

2、保函的生效時間先于承包商收到的預付款，承包商在不知情的前提下，業(yè)主已經沒收預付款保函而承包商未收到預付款。

3、預付款已經扣還完畢，而預付款保函沒有及時撤銷，讓業(yè)主有機可乘，留下沒收保函之機。